Le très aquatique murin de Daubenton chasse au ras de l’eau les insectes posés ou tombés à la surface. Tandis que les grands étangs et les lacs offrent la manne abondante et régulière indispensable à l’élevage des jeunes, le débit capricieux des rivières ne convient qu’aux mâles, moins exigeants.
La palette des gîtes de cette espèce est très large. On peut la trouver autant dans les arbres creux que les ouvrages bâtis tels que ponts, tunnels, voire canaux d’égout où elle profite des interstices pour se dissimuler.
Vu la présence du lac, de nombreuses colonies de mise-bas sont suspectées dans la région. L’une occupait le tunnel de Gor de Vauseyon, avec une cinquantaine d’individus en 2001, mais a aujourd’hui disparu. Deux autres se trouveraient dans des cavités d’arbres au bord du lac du Loclat à Saint-Blaise et dans l’allée des Bourbakis à Colombier. Leur observation précise n’a malheureusement pas pu être faite à ce jour. Une colonie de mise-bas se situe également dans un bâtiment autour du lac des Taillère à 1’000 mètres d’altitude! Enfin, une colonie de mâles réunissant plus de 150 individus occupe aussi les anciens bâtiments de la Presta, à Couvet.
