Le très aquatique murin de Daubenton chasse au ras de l’eau les insectes posés ou tombés à la surface. Tandis que les grands étangs et les lacs offrent la manne abondante et régulière indispensable à l’élevage des jeunes, le débit capricieux des rivières ne convient qu’aux mâles, moins exigeants.
La palette des gîtes de cette espèce est très large. On peut la trouver autant dans les arbres creux que les ouvrages bâtis tels que ponts, tunnels, voire canaux d’égout où elle profite des interstices pour se dissimuler.
Avec la présence du lac, de nombreuses colonies de mise-bas sont suspectées dans la région. Deux viennent récemment d’être découvertes à Neuchâtel sous des regards de canaux de rivières enterrées. Des endroits bien discrets avec accès direct au lac. Ces colonies comprennent entre 50 et 100 femelles. D’autres se trouveraient dans des cavités d’arbres près du lac du Loclat à Saint-Blaise ou dans l’allée des Bourbakis à Colombier. Leur observation précise n’a malheureusement pas pu être faite à ce jour. Une colonie de mise-bas se situe aussi dans un bâtiment autour du lac des Taillère à 1’000 mètres d’altitude! Enfin, une colonie de mâles réunissant plus de 150 individus occupe aussi les anciens bâtiments de la Presta, à Couvet.
