Chauve-souris forestière, le murin de Natterer fréquente préférentiellement les forêts de feuillus. Grâce à son sonar particulier, il est capable de repérer insectes et araignées posées sur la végétation. Et c’est avec son uropatagium frangé de poils sensoriels qu’il les capture.
En journée, il gîte habituellement dans des cavités d’arbre (loge de pic, caries ou cassures).
Une colonie de mise-bas a pu être découverte à Chaumont lors d’un suivi par radiopistage. D’autres indices suggèrent la présence d’une population plus importante dans les forêts du Bois de l’Hôpital et de l’Abbaye de Fontaine-André. L’espèce se reproduit également dans la région de Perreux ainsi qu’aux Hauts-Geneveys. Avec une répartition assez clairsemée, l’espèce reste peu connue.
Depuis 2019, l’espèce a été distinguée génétiquement du Murin cryptique (Myotis crypticus), dont la répartition n’est pas encore connue. Aucun critère morphologique ou acoustique ne permet de les différencier actuellement.
